Biegunki spowodowane infekcjami bywają bardzo niebezpieczne szczególnie u młodych zwierząt. Powodzenie terapii zależy od szybkiej decyzji właściciela dotyczącej konieczności wizyty u weterynarza, od właściwej diagnozy lekarza i natychmiastowego rozpoczęcia leczenia. Niedojrzałość mechanizmów obronnych i kompesacyjnych, bardzo szybko postępujące odwodnienie oraz enterotoksemie w przypadku młodych organizmów w łatwy sposób prowadzą do gwałtownych zaburzeń elektrolitowo-wodnych i metabolicznch i w efekcie padnićã. Właściciele szczeniàt powinni rozumieć, ýe jedynà skutecznà drogà zapobiegania biegunkom infekcyjnym sà bezpieczne i efektywne szczepienia, a nie kosztowne i nie zawsze skuteczne leczenie. Pojawiajàce sić w ostatnich latach zmodyfikowane żywe szczepionki wirusów stanowią znakomitą ochronę przed infekcyjnymi problemami enteralnymi u szczeniąt czy kociąt.
Najczęściej występującymi infekcjami enteralnymi u szczeniąt są parwowiroza i pierwotniacza giardioza. Na dalszym miejscu plasują się pierwotniacze kocydiozy (wywoływane przez Isospora spp., Sarkocystis spp., Toxoplazma spp., Cryptosporydium spp.,), bakteryjna salmonelloza i clostrydioza (także infekcje Yersinia, Campylobacter, Bacillus, Mycobacterium, Shigella), koronawirusowe czy rotawirusowe zapalenie jelit, inwazje pasożytnicze oraz infekcje grzybicze (Histoplazma, Aspergillus, Candida). Należy wiedzieć, że biegunki infekcyjne u szczeniąt czy kociąt nie stanowią obecnie w codziennej, rutynowej praktyce weterynaryjnej większego problemu, a dzieje się to za sprawą bardzo rozsądnego podejścia właścicieli zwierząt do potrzeby profilaktycznych szczepień ochronnych u młodych zwierząt. Pomimo znacznego wyeliminowania z kociej czy psiej populacji wirusa parwo czy corona wciąż zdarzają się przypadki tego rodzaju infekcji, gdy z różnych powodów szczepienia zostają zaniechane bądź opóźnione. Zwykle w okresie letnim częściej pojawiają się przypadki parwowirozy, w okresie zimowym przypadki infekcji koronawirusowych, chociaż obserwuje się także parwowirozę u szczeniąt starszych w wieku do 6 miesięcy, a predyspozycje te wynikają z niedojrzałości mechanizmów obronnych młodych organizmów oraz pojawiania się co kilka lat nowych mutacji wirusowych. Te nowe mutacje wirusów zmuszają producentów szczepionek do ich modyfikowania oraz stosowania tychże zarówno u psów jak i kotów. Przy znacznym podobieństwie objawów zapalenia jelit u młodych zwierząt, testem serologicznym ELISA można drogą eliminacji zdiagnozować rodzaj infekcji wirusowej.
Pierwotniacze infekcje Giardia spp. (diagnozowane metodą flotacji próbki kału) są kolejną przyczyną występowania biegunek u młodych zwierząt. Objawy giardiozy u młodych zwierząt są mniej lub bardziej symptomatyczne, podobnie jak w przypadku biegunek wirusowych, mogą być krwawe bądź nie wypływać zasadniczo na kondycję zwierzęcia. W przypakach psich zapaleń jelitowych należy podchodzić do nich jako do schorzeń kompleksowych o etiologii wieloprzyczynowej. Praktycznie oznacza to, że każdy z czynników infekcyjnych moýe inicjowaã zakaýenia innymi czynnikami: wirusowymi, bakteryjnymi czy pierwotniaczymi. Nasilenie infekcji jelitowych u młodych zwierząt obserwuje się w wieku około 6 - 12 tygodni. Infekcje w tym okresie życia zwierząt wynikają ze znacznego spadku w ich organizmach poziomu przciwciaù siarowych (odpornoúã bierna). W tym to właśnie wieku właściciele szczeniąt czy kociąt powinni rozpocząć szczepienia profilaktyczne stymulując w ten sposób układ odporościowy. Ponieważ prawdopodobne jest wystąpienie interferencji szczepionkowych (przeciwciała siarowe reagujące z antygenami szczepionkowymi) istnieje konieczność trzykrotnego powtarzania szczepień ochronnych u szczeniąt czy kociąt w tym krytcznym wieku. Znaczenie szczepień, szczególnie szczepionkami zmodyfikowanym zawierajàcymi ýywe wirusy corona czy parwo, poza zdecydowanym podniesieniem odpornoúci czynnej służy również zapobieganiu zjawisku rozsiewania wirusów do środowiska, co w przypadku stosowania szczepionek z "martwym" wirusem nie ma miejsca. Środowiska masowych hodowli sprzyjają szerzeniu się schorzeń jelitowych, a jedynie regularne szczepienia najnowocześniejszymi szczepionkami pozwalają skutecznie kontrolować transmisje wirusowe czy zanieczyszczenia środowiska patologicznymi wirusami, pierwotniakami czy bakteriami.
